Что сделать, чтобы сняли с учёта во ФСИН после отбытия назначенного срока обязательных работ?

Ну потому, что отбытие дополнительного наказания в виде лишения  права заниматься определённой деятельностью контролирует ФСИН. Это предусмотрено уголовно-исполнительным кодексом. А вам такое наказание назначено на срок 3 года. Срок данного наказания в вашем случае исчисляется с момента вступления приговора в законную силу.

Тут ни чего не поделать, если только обжаловать приговор в кассацию, чтобы снизили срок этого наказания.

В ином случае отбывать наказание в установленном порядке.

Статья 33. Порядок исполнения наказания в виде лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью
 
1. Наказание в виде лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью, назначенное в качестве как основного, так и дополнительного видов наказаний к штрафу, обязательным работам, исправительным работам или ограничению свободы, а также при условном осуждении исполняют уголовно-исполнительные инспекции по месту жительства (работы) осужденных.
2. Указанное наказание, назначенное в качестве дополнительного вида наказания к принудительным работам, аресту, содержанию в дисциплинарной воинской части или лишению свободы, исполняют учреждения и органы, исполняющие основные виды наказаний, а после отбытия основного вида наказания уголовно-исполнительные инспекции по месту жительства (работы) осужденных.

3. Уголовно-исполнительные инспекции ведут учет осужденных; контролируют соблюдение осужденными предусмотренного приговором суда запрета занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью; проверяют исполнение требований приговора администрацией организаций, в которых работают осужденные, а также органами, правомочными аннулировать разрешение на занятие определенной деятельностью, запрещенной осужденным; организуют проведение с осужденными воспитательной работы.

4. Администрация учреждения, в котором отбывает основной вид наказания лицо, осужденное также к дополнительному наказанию в виде лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью, не может привлекать осужденного к работам, выполнение которых ему запрещено.

 
Статья 34. Обязанности администрации организаций, в которых работают осужденные
 
1. Требования приговора о лишении права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью обязательны для администрации организации, в которой работает осужденный.
2. Администрация организации, в которой работает осужденный, обязана:
а) не позднее трех дней после получения копии приговора суда и извещения уголовно-исполнительной инспекции освободить осужденного от должности, которую он лишен права занимать, или запретить заниматься определенной деятельностью, направить в уголовно-исполнительную инспекцию сообщение об исполнении требований приговора;
б) представлять по требованию уголовно-исполнительной инспекции документы, связанные с исполнением наказания;
в) в случаях изменения или прекращения трудового договора с осужденным в трехдневный срок сообщить об этом в уголовно-исполнительную инспекцию;
г) в случае увольнения из организации осужденного, не отбывшего наказание, внести в его трудовую книжку запись о том, на каком основании, на какой срок и какую должность он лишен права занимать или какой деятельностью лишен права заниматься.
 
Статья 35. Обязанности органов, правомочных аннулировать разрешение на занятие определенной деятельностью
 
1. Требования приговора о лишении права заниматься определенной деятельностью обязательны для органов, правомочных аннулировать разрешение на занятие соответствующей деятельностью.
2. Указанные органы не позднее трех дней после получения копии приговора суда и извещения уголовно-исполнительной инспекции обязаны аннулировать разрешение на занятие той деятельностью, которая запрещена осужденному, изъять соответствующий документ, предоставляющий данному лицу право заниматься указанной деятельностью, и направить сообщение об этом в уголовно-исполнительную инспекцию.
 
Статья 36. Исчисление срока лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью
 
1. Срок лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью, назначенного в качестве как основного, так и дополнительного видов наказаний к штрафу, обязательным работам, исправительным работам или ограничению свободы, а также при условном осуждении, если при этом исполнение дополнительного вида наказания не отсрочено, исчисляется с момента вступления приговора суда в законную силу. В срок указанного наказания не засчитывается время, в течение которого осужденный занимал запрещенные для него должности либо занимался запрещенной для него деятельностью.

2. При назначении лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью в качестве дополнительного вида наказания к принудительным работам, аресту, содержанию в дисциплинарной воинской части, лишению свободы срок указанного наказания исчисляется соответственно со дня освобождения осужденного из исправительного центра, из-под ареста, из дисциплинарной воинской части или из исправительного учреждения.
3. В случаях, указанных в части второй настоящей статьи, требования приговора о лишении права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью распространяются также на все время отбывания осужденным указанных основных видов наказаний.

 
Статья 37. Обязанности осужденного к лишению права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью
 
Осужденные к лишению права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью обязаны исполнять требования приговора, представлять по требованию уголовно-исполнительной инспекции документы, связанные с отбыванием указанного наказания, сообщать в уголовно-исполнительную инспекцию о месте работы, его изменении или об увольнении с работы, а также об изменении места жительства.